국가인권위원회(위원장 송두환, 이하 인권위)는 이주노동자만을 분리‧구별하여 코로나19 진단검사를 받도록 강제한 것은 외국인에 대한 차별적 조치라고 판단하고, 중앙재난안전대책본부장 및 광역지방자치단체장에게 해당 행정명령을 중단할 것과 인권의 원칙에 기반한 비차별적인 방역정책을 수립‧시행할 것을 2021년 3월 22일 권고한 바 있다.
당시 행정명령에 대하여 이주노동자 당사자와 관련 시민단체, 각 국 대사관 등에서 외국인에 대한 차별적 조치라는 비판의 목소리가 높았고, 인권위는 이러한 상황의 심각성과 긴급성을 인식하여 이미 발효된 행정명령과 시행이 예정된 행정명령 모두를 대상으로 인권침해 여부 및 정책 개선 방안을 검토하였다.
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